Margreet Prinsen studeerde aan het Amsterdams Conservatorium, orgel bij Anthon van der Horst en klavecimbel bij Gustav Leonhardt en behaalde voor beide instrumenten het diploma solospel. Regelmatig trad zij op als soliste, zowel op orgel als op klavecimbel. Zij maakte diverse radio-opnames en is een van de spelers op verschillende cd-boxen: ‘Het Historische Orgel in Nederland’ [Midwolde], ‘Orgels in Nederland’ [Midwolde, Westerbork], ‘Orgelcultuur in Groningen’ [Eenum, Kantens, Midwolde] . Aan de laatste werd een Edison toegekend.

Op de verzamel CD uitgebracht bij de kunstcollectie Middeleeuwse Manuscripten van Kasteel Huis Bergh speelt zij 15 eeuwse muziek op het orgel van Rysum [Du 1457] en op een Italiaans virginaal naar Celestini. Als continuospeler maakt zij deel uit van verschillende ensembles, waaronder het Barlheze Consort. Zij speelde samen met o.a. de bariton Jasper Schweppe en de gambist Jan Goorissen in het Trio Zuylekom  en met Lucia Swarts, cello en Sarah Walder, gamba. Lange tijd was zij als docente verbonden aan het Conservatorium te Groningen.

In 2016 bracht zij samen met organiste Leonore Lub als klaveciniste ‘Die Kunst der Fuge’ van Joh.Seb. Bach ten gehore op verschillende lokaties in het noorden van het land.

Onlangs verscheen een cd die werd opgenomen op het historische Hinszorgel in het mooie kerkje van Zandeweer.